تعاون روستایی بازوی کارآمد وزارت جهاد کشاورزی است و جداسازی این سازمان از این وزارتخانه می تواند مشکلاتی در مسیر اجرای برنامه های وزارت جهاد کشاورزی ایجاد کند.